Από το ακαδημαϊκό έτος 2004-2005, στο Τμήμα Βιολογίας λειτουργούν δύο κατευθύνσεις σπουδών, η κατεύθυνση Βιομοριακών Επιστημών και Βιοτεχνολογίας και η κατεύθυνση Περιβαλλοντικής Βιολογίας και Διαχείρισης Βιολογικών Πόρων, σύμφωνα την απόφαση υπ. Αριθμ. 66442Α/Β1 (ΦΕΚ 1658/12-11-2003). Οι φοιτητές έχουν τη δυνατότητα να επιλέξουν μία από τις δύο κατευθύνσεις η οποία και θα αναγράφεται στο πτυχίο του Τμήματος Βιολογίας.